Pendant le XVIe siècle, la Réforme atteint
l’Écosse. Dans la première moitié du siècle, les écrits de Martin
Luther et Jean Calvin commencent à influencer la population. Les
exécutions de précheurs protestants, particulièrement le luthérien
Patrick Hamilton en 1527 et plus tard le calviniste George Wishart en
1546, condamnés pour hérésie et brûlés sur le bûcher à Saint Andrews
par le cardinal Beaton, n’entravent en rien la montée du mouvement. Le
cardinal Beaton est d’ailleurs assassiné peu après l’exécution de
George Wishart.
La Réforme de l’Église écossaise est entérinée
par le Parlement à partir de 1560, alors que Marie Ire est encore
mineure. Le personnage le plus influent de cette période est John Knox,
disciple à la fois de Calvin et de George Wishart. La catholicisme
n'est toutefois pas éradiqué, et reste fortement implanté dans des
régions des Highlands.
Durant tout le règne de Marie Ire,
catholique, la Réforme reste précaire; son fils Jacques VI est
cependant élevé dans la tradition protestante. À la mort d’Élisabeth
Ire d’Angleterre, en 1603, ce dernier hérite de la Couronne
d’Angleterre. Il y règne sous le nom de Jacques Ier, unifiant ainsi les
deux pays. Il reste à l’époque le seul lien entre ces deux nations
indépendantes, mais ceci préfigure la future union de l’Angleterre et
de l’Écosse sous la bannière du Royaume-Uni de Grande-Bretagne en 1707.
Une
des principales différences est d’ordre religieux. Alors que les deux
pays sont protestants, l’Église d’Angleterre n’adopte pas le calvinisme
comme celle d’Écosse. Elle conserve notamment sa gouvernance épiscopale
tandis que les Ecossais sont en majorité presbytériens. Les monarques
suivants de la lignée Stuart tentent d’imposer le pouvoir des évêques
sur l’Église écossaise, avec un succès limité.